Az incidenst követően szinte azonnal beindul a magyar diplomácia. Zárkándy jelenti Habsburg Ferdinándnak a két magyar tiszt fogságba esését, mire Ferdinánd azonnal utasítja a konstantinápolyi magyar követeket, hogy emeljenek panaszt a szultánnál.
Alkudozás kezdődik, de már maga az alkudozás ténye mutatja, hogy Ferdinánd milyen gyenge pozícióban van: elvégre hivatalosan béke van, a törökök nemhogy magyar királyi tiszteket nem ejthettek volna fogságba, de Eger környékére (magyar királyi területre) sem tehették volna a lábukat.
Hossza huzavona után Zolthay végül váltságdíj fejében szabadul – később pedig Eger várának főkapitánya lesz -, de Gergelyt már a fogságba ejtését követő napokban a budai pasa börtönébe szállítják és közlik vele, hogy november elején Konstantinápolyba fogják küldeni.
Gergelynek innentől kezdve aligha lehetnek illúziói a sorsát illetően, talán csak abban reménykedhet, hogy élete végéig a Jedikulában fog raboskodni, és ez még a jobbik eset.
Gergely ugyanis tisztában van vele, hogy túlságosan értékes fogoly. Hiába kínálnának érte komoly váltságdíjat a királyi udvarból, a törökök presztízskérdést csinálnak a személyéből. Hiszen Gergelynek nagyon komoly szerepe volt abban, hogy a törökök 1552-ben ne tudják bevenni Eger várát.
Gergely tehát nagyjából tudja, hogy mire számíthat, ezért jónak látja, ha még magyar földön, Konstantinápolyba szállítása előtt megírja végrendeletét, amit 1554 november 1-jei keltezéssel meg is tesz.
A végrendelet szövege teljes egészében ránk maradt és önmagában is megérne egy posztot. Mint ahogy Gergely életének kutatója, Sugár István megállapítja: „Ebből a testamentumból nem egy megkérgesedett lelkületű durva katona képe rajzolódik elénk, aki önző módon csak vagyonára és szűkebb családjára gondolt, hanem aki minden rendű s rangú egykor hozzá közel állott ember felé igaz keresztény szeretettel fordul, s róluk gondoskodik. Bornemissza Gergely deák testamentuma soraiból egy finom lelkű, művelt, s láthatóan már anyagilag tehetős embert ismerhetünk meg.”
Gergelyt ezután több magyar rab társaságában tényleg elindítják a Török Birodalom fővárosa felé, ahova 1554. december 12-én érkeztek meg, és ahol Gergely több mint egy évet vár arra, hogy döntés szülessen ügyében.
A magyar diplomácia továbbra is gőzerővel dolgozik Gergely kiszabadításán, nem sok sikerrel. A szultán ugyanis a perzsa hadjárat miatt még nem érkezett vissza Konstantinápolyba, a főbb ügyeket pedig nagyvezíre, Kara Ahmed pasa intézi. Az az Ahmed pasa, aki az Egert ostromló török sereg egyik főparancsnoka volt…
Meg is lesz ennek a következménye: Verancsics Antal, a Portánál szolgáló egyik magyar diplomata 1555 október10-én levélben jelenti, hogy nemes Bornemissza Gergelyt felakasztották.
A források nem egyértelműek arra vonatkozóan, hogy ez kinek a parancsára történt. Egyesek szerint maga az öregedő Szulejmán adott parancsot a magyarországi kudarca egyik fő felelősének tartott Bornemissza kivégeztetésére.
Más források szerint viszont Ahmed pasa, a nagyvezír keze volt a dologban, ugyanebből az okból. A történettudomány egyébként ez utóbbit tartja valószínűbbnek, egyrészt, mert a helyszínen tartózkodó és ezért nyílván jobban értesült Verancsics is ezt állítja, másrészt pedig Szulejmán szultán volt olyan nagy kaliberű uralkodó, hogy ne foglalkozzon olyan kicsinyes bosszúval, mint Gergely felakasztása.
Ugyanez azonban nem mondható el Ahmed nagyvezírről, míg ugyanis az 1552-es török hadjárat a szultán szempontjából alapvetően sikeres volt, addig az egri ostrom kudarca egyértelműen Ahmed felelőssége (is) volt.
Ahmed pasa egyébként nem sokkal élte túl Gergelyt, hamarosan a szultáni udvarban minden szinten jelen lévő intrikák áldozata lett, halála nem sokkal volt méltóságteljesebb, mint Gergelyé, selyemzsinórral fojtották meg.
Bornemissza Gergelyt a valóságban tehát felakasztották a törökök. Szomorú, de a korszakban korántsem ritka, vagy szokatlan befejezése ez egy végvári vitéz életének. És bár a törököknek végül sikerült rajta bosszút állniuk, ezzel semmit sem csökkennek Gergely érdemei és hőstettei, amiket az egri vár védelmében hajtott végre.
-Vége-